Setelah merenungkan keadaan sepak bola Jepang saat ini, Asosiasi Sepak Bola Jepang memutuskan untuk mempekerjakan pelatih yang penuh teka-teki dan eksentrik; Jinpachi Ego. Dengan harapan dia dapat memandu timnas jepang memenangkan Paiala Dunia.

Demi mencari striker egois yang haus akan gol, Jinpachi Ego memulai program Blue Lock— sebuah fasilitas seperti penjara di mana tiga ratus striker berbakat dari SMA seluruh Jepang diisolasi dan diadu satu sama lain. Seorang pemenang yang lolos dari Blue Lock nantinya berhak menjadi striker timnas jepang, sedangkan yang kalah dilarang bergabung timnas jepang selamanya.

Salah seorang yang terpilih untuk bergabung dengan proyek berisiko ini adalah Yoichi Isagi, seorang striker yang gagal membawa tim sepak bola SMA-nya ke turnamen nasional. Karena waktu itu ia memilih mengoper keteman setimnya yang lalu gagal mencetak gol.  Sekarang Yoichi Isagi bertanya-tanya apakah hasil pertandingan itu akan berbeda jika dia lebih egois dan memilih mencetak gol dengan kedua kakinya sendiri.

Dengan menggunakan kesempatan emas yang diberikan Proyek Blue Lock, Yoichi bertujuan menghilangkan keraguannya serta mencapai cita-cita yang ia miliki yaitu menjadi striker terhebat di dunia dan memimpin Jepang menuju kejayaan Piala Dunia.